Nació en Bogotá, Colombia, el 25 de marzo de 1952. Sus estudios secundarios los realizó en el Liceo Francés ‘Louis Pasteur’. Magíster en filosofía de la Universidad Nacional de Colombia. Magíster en matemáticas de la Universidad de Dijòn, Francia, en 1972, y Doctorado Honoris Causa en Filosofía de la Universidad de París XIII, en junio del 2004, reconociéndolo como “un matemático y un filósofo cuya vida y obra son excepcionales”.

Mockus ha trabajado académicamente tanto en el área de las matemáticas como en la de la filosofía, convirtiéndose en profesor e investigador de la Universidad Nacional de Colombia desde 1975 hasta la fecha. Fue vicerrector (1988 a 1991) y luego rector de la Universidad Nacional de Colombia entre 1991 y 1993. Como rector participó en las reuniones y talleres que se realizaron previos a la expedición de la Constitución de 1991, particularmente en los temas relacionados con la educación oficial.

En el año de 1995, y después de ocho meses de una campaña considerada atípica para las costumbres electorales del país, llegó a ser Alcalde Mayor de Bogotá mediante elección popular, con cerca de medio millón de votos. De acuerdo con las nuevas disposiciones constitucionales, le correspondió ser el primer Alcalde al que la ciudadanía le podía revocar su mandato de no haber cumplido con las propuestas de su Plan de Gobierno.

En abril de 1997 Mockus se retiró de la Alcaldía Mayor para presentar su nombre como candidato a la presidencia de la República en el periodo 1998-2002. Como candidato presidencial conformó la lista al Senado número 691 ‘Confiar Antanas’, integrada por 12 personas y encabezadas por Rafael Orduz, quien fue senador de la República.

Simultáneamente, Mockus inició en 1998 un proceso de organización política que hoy busca consolidarse como uno de los partidos políticos más importantes de Colombia bajo la denominación “Visionarios con Antanas Mockus”. Esta organización está orientada a la construcción de ciudadanía y democracia. Grupos entre 12 y 40 personas conforman combos bajo los siguientes principios:

1. Coherencia entre fines y métodos
2. La cultura es importante y transformable
3. La transformación de la cultura debe tener como horizonte y camino la constitución.
4. Democracia deliberativa y expresiva
5. Aumentar la productividad y la equidad, principalmente, por la vía de la educación.

Entre 1998 y 2000 Mockus también se dedicó a la investigación dirigida a resolver los principales dilemas con los que se había visto confrontado durante su ejercicio como primera autoridad del Distrito Capital. Adelantó un estudio sobre la convivencia de jóvenes en Bogotá con el fin de identificar las principales características y comportamientos que promueven la convivencia pacífica. Con el apoyo de la Universidad Nacional de Colombia y Colciencias, desarrolló al lado de Jimmy Corzo el proyecto ‘Indicadores de Convivencia Ciudadana’ que sentaría las bases para el programa Cultura Ciudadana en su versión 2001-2003

En el año 2001, Mockus fue elegido nuevamente Alcalde de Bogotá. Durante su segunda administración, acentúo el énfasis en la formación de cultura democrática y la armonización entre ley, moral y cultura.

Debido a su desempeño en las dos administraciones, Mockus ha recibido reconocimientos internacionales por la estrategia de reducción de homicidios, la jornada de prevención de violencia familiar, la capitalización de la Empresa de Energía de Bogotá, los avances del proyecto de descontaminación del Río Bogotá y el buen manejo financiero de la ciudad.

Durante los últimos diez años la ciudad de Bogotá ha tenido importantes transformaciones que la hacen un ejemplo de gobernabilidad para los países en vía de desarrollo, tal y como lo reconoció el Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo en el 2002 y 2003. Una pieza decisiva en la construcción de este proyecto de ciudad ha sido la formación de Cultura Ciudadana y la generación de condiciones para la convivencia ciudadana, objetivos centrales de la gestión de Mockus.

Al terminar su segunda administración, Mockus fue invitado como Profesor Visitante de la Universidad de Harvard, como Robert F. Kennedy Visiting Professor en el David Rockefeller Center for Latin American Studies. En esta categoría han sido invitados 22 latinoamericanos reconocidos, siendo Mockus el primer colombiano en recibir esta distinción.

En el primer semestre del 2005, Mockus estuvo como investigador invitado en la Universidad de Oxford, adscrito al Nuffield College. Este es uno de los centros de investigación más reconocidos del mundo en ciencias políticas, economía y sociología.

Durante el segundo semestre del 2005 regresó al país y continuó su trabajo en Colombia.

A finales del 2004, Mockus se lanzó a la candidatura presidencial para el periodo 2006-2010.